Jacques Lagisquet est de la même classe d’âge que Georges Trouvé et Henri Mauger, deux autres architectes successivement recrutés par l’EFEO. Architecte dplg, il quitte la France en 1929 pour travailler comme architecte-adjoint des travaux publics dans le service des bâtiments civils en Annam. Six ans plus tard, en octobre 1935, il est détaché à l’EFEO. Il collabore alors aux travaux d’agencement du musée cham de Tourane et est nommé Inspecteur du Service archéologique et Conservateur du groupe d’Angkor. Il ne rejoint cependant Angkor qu’au début de l’année 1936. Il travaille sur le dégagement de la terrasse de Bantey Srei et se rend avec Henri Marchal et Philippe Stern dans la région des Kulen (avril-mai 1936).

Peu de temps après son arrivée, dans un contexte de pénurie d’architectes, il est, à sa demande, réintégré dans son cadre d’origine. Il est alors affecté à Hué pour mettre au point les plans du musée Thanh-Hoa. En 1942, il est nommé membre permanent de l’EFEO, censé remplacer Maurice Glaize à Angkor, mais il continue en fait de travailler à Dalat pour les travaux publics jusqu’en mars 1945 (occupation japonaise). Il se rend alors à Saigon pour diriger la Conservation des monuments historiques de l’Indochine, secteur Cochinchine, jusqu’à la fin de l’année 1945, puis revient à Dalat jusqu’en juillet 1946. Mis à la disposition de l’EFEO, il est nommé Conservateur du musée Albert Sarraut en 1947, puis secrétaire général intérimaire de l’Institut bouddhique de Phnom Penh.

Un an plus tard, en juin 1948, il quitte l’EFEO pour aller travailler à Dalat comme conseiller aux travaux publics, mais une poliomyélite le contraint à rentrer en France. Le conseil supérieur de la santé le considère alors inapte à l’outre-mer (1950).