Le fonds AAS reflète l’activité administrative et scientifique de l’École française d’Extrême-Orient depuis sa fondation par arrêté du Gouverneur général de l’Indochine du 15 décembre 1898. Le fonds contient notamment les archives de la direction concernant la gestion et l’organisation de l’EFEO pendant les périodes Indochinoise et parisienne (gestion comptable, du personnel, des immeubles, etc.), et les archives scientifiques produites par le service archéologique et par le service ethnologique et linguistique.
Le sous-fonds des travaux des membres contient notamment les productions scientifiques de certains membres. Un sous-fonds est consacré à la gestion des musées du Vietnam, du Cambodge et du Laos gérés par l’EFEO. Une grande quantité de documents concerne les relations de l’EFEO avec des instituts scientifiques (universités, instituts, musées, écoles, etc) et leurs membres à l'échelle mondiale. 

Organisation et réorganisation : liste (s.d.), extraits de journal (septembre 1926, août 1932), correspondance (juin 1931-janvier 1948), arrêtés du Gouverneur général de l'Indochine (septembre 1932, s.d.), pièces comptables (1932, septembre 1943), procès-verbal (octobre 1944), notes (mars-mai 1944, s.d.), projet de réorganisation du personnel chargé de la conservation des musées archéologiques d’Indochine (1931).

Les documents sont issus de l'activité de l'EFEO et de Pascal Royère sur le chantier de restauration du Baphuon mené au Cambodge de 1995 à 2011, année de la fin du chantier. L'ensemble contient principalement des documents administratifs, des rapports, des plans, des minutes, et des albums photos.

Collection de 39 gravures ou lithographies en couleurs de la seconde moitié du XIXe siècle représentant des scènes pittoresques d'expéditions en Chine et en Indochine. Les originales - en noir et blanc - ont été pour la plupart éditées dans des journaux comme "Le Tour du monde" ou "L'Univers. L'Océanie ou Cinquième partie du monde", ainsi que dans des monographies telles que "Un hiver au Cambodge" afin d'illustrer les récits des explorateurs.